第二临床医学院的前身是临床医学二系和儿科系。2000年，学校改系为学院；2002年，学校合并了第一临床学院、第二临床学院和基础学院，成立临床医学部；2005年，为进一步加强临床教学工作，促进临床教学管理工作的规范化建设，进一步完善临床医学及相关专业管理体制，成立第二临床医学院（含儿科临床医学院）。学院以“诚信、奉献、求精、创新”作为院训，以培养厚基础、宽口径、强技能、高素质的医学专门人才为己任，努力为社会输送更多的、适应医学发展和社会需求的高层次医学人才。
学院以附属第二医院、育英儿童医院、浙江省立育英医院为依托，采用“四个牌子，一套班子”的管理方式，承担本硕博医学生的教学任务。下设学院办公室、教学处、学生工作办公室、毕业后教育处\研究生处。拥有1个一级学科博士点（临床医学）、8个一级学科硕士点（临床医学、中西医结合、护理、药学、中药学、基础医学、生物学、生物医学工程），是温州医科大学本科和硕士临床医学专业来华留学生实习基地。本科实行“五年一贯制”管理，设有临床医学(5年制)、临床医学(5+3)（8年制）、儿科学(5年制)、儿科学(5+3）（8年制）、麻醉学、中医学、康复治疗学等七个专业及后期分流的儿科方向班。其中临床医学专业是国家一类特色专业和浙江省重点专业，麻醉学专业是浙江省重点（建设）专业。2021年度圆满完成本科生、留学生、研究生教学任务及教育部本科教学工作审核评估。
学院现有在读本科生2716名，硕博研究生665名。其中，2016年招收博士研究生7人、硕士研究生223人、本科生590人，毕业博士研究生3人、硕士研究生186人、本科生502人。2016届毕业研究生年终就业率为98%，本科毕业生年终就业率为95.17%。2021届563名毕业生中，共有256人考取了研究生，其中临床医学专业中，有53.69%的学生考取研究生，38.39%的学生考取了“985”、“211”等名校，考取数量和985、211录取数再创新高。
学生工作屡创佳绩，团队建设成效显著，集体荣誉感明显提升。学院暑期社会实践队连续三年进入全国暑期社会实践评比百佳团队，学院田径队连续三年获得校运会团体总分第一，连续九年获得校级新闻宣传工作先进集体，腾讯，，连续两次在校十佳班团集体标兵评比中收获两席。
文化建设初显成效，学院特色逐渐形成，典型学生培养显成效。以生命相“髓”、血液银行为核心的学院文化形成特色并产生良好的效应。“血液银行”项目被教育部收录为践行社会主义核心价值观创新案例，被推荐到教育部参加全国高校校园文化品牌评比，同时推荐到教育部参加全国辅导员精品项目评比；杏林志愿者集体荣获“最美温州人——2021感动温州十大人物”，被推荐参加“最美浙江人”的评比。2021年，“生命相髓”项目获得第三届中国青年志愿服务项目大赛金奖。同时也培养了以刘云龙、徐寅烨等“全国大学生自强之星”、浙江省十佳大学生、温州市首位捐献造血干细胞的在校大学生郑科科为代表的一大批的学生典型。