行政：负责文电、文字综合、信息、档案、保密、信访、投诉、安全、资产管理、后勤保障等工作。党务：负责机构编制、人事管理、离退休干部管理等工作，负责党建和群团工作。负责纪检监察、职工教育培训、营商环境和软环境建设相关工作。
2.结算部
负责与定点医疗机构按协议内容核算。负责各项基金费用支出的结算工作。负责对商业保险公司投保理赔的监督和考核。负责个人账户购买商业保险费用结算。负责受理医疗保险、生育保险等各项现金报销业务。
3.财务（基金管理）部
负责市本级城镇职工和城乡居民基本医疗保险、生育保险、低保医疗救助、公务员补助、超限额补充医疗保险和大病保险等各项基金和财务经费业务的登记入账、费用请领、支付核算、收支报表、预决算；负责财务档案、财务印鉴、支票的管理。
4.参保部
负责城镇职工基本医疗保险、城乡居民基本医疗保险、生育保险的参保登记、基数核定、增减变动、关系转接；负责参加大病保险人员、超限额补充医疗保险人员、低保对象医疗救助人员、困难人员、公务员、医疗照顾人员的登记备案及网络标识；负责各项征收基金的到账、记账及与税务部门的对账等工作。负责个人账户的一次性返还。
5.审核一部
负责对市本级城镇职工和居民基本医疗保险定点医院、定点药店、诊所和社区服务站参保人员就医情况的实地核查；负责对实地核查中发现违反协议规定行为提出处理意见；负责对定点药店、诊所和社区服务站个人账户支付费用网络核定；负责受理外伤备案。
6.审核二部
负责对参保人员在定点医院发生的医疗费用进行网络初核，对有疑点的病志进行复审，腾讯，并对定点医院违反协议规定的行为提出处理意见；负责组织定点医疗机构进行特例单议，并根据专家组意见确定应得分值。
7.稽核部
负责中心内控制度的建立管理；负责基金风险点的定期稽核；负责核查各部门之间的对账及业务流程执行情况；负责承担全市医疗保障药品、医用耗材、医疗服务项目、医疗服务设施相关统计数据的收集、整理、分析。
8.信息部
负责中心信息系统建设及运维工作。负责全市两定机构网络运维及监管工作。负责统计报表汇总及运行分析上报工作。负责异地转诊转院及异地安置人员审批、备案及信息上传工作；负责国家异地就医直接结算平台运维工作。负责医保医师管理工作。负责对医院提供的死亡人员名单做系统标识。负责医保微信公众号的管理和信息更新。负责日常问题数据处理工作。负责三个目录的网络更新和维护。
9.资格评定服务部
负责组织对申请纳入协议管理的医疗机构、零售药店的资格进行评估及基本信息维护；负责组织对申请享受门诊规定病种待遇人员的鉴定。负责核定在本市定点医院发生的门诊规定病种医疗费用；负责受理门诊规定病种的医疗费用的现金报销业务；负责开展与商业保险公司相关的合作业务。