云南省科技厅与昆明医科大学从2007年开始共同出资设立了多元化投入的“云南省科学技术厅-昆明医科大学应用基础研究联合专项资金”，经过十二年来持续实施，体制机制不断创新、服务方式不断优化、筹资规模及覆盖范围不断扩大、成果绩效不断彰显，对云南省医药卫生领域和昆明医科大学科技创新、学科发展、平台建设和团队人才培养发挥了重要基础性支撑作用，对云南省医疗卫生事业发展产生了重大深远影响。
云南省科学技术厅-昆明医科大学应用基础研究联合专项资金，创新运行模式，强化基础研究顶层设计和统筹协调，建立了联合专项资金理事会、办公室；制定了理事会章程、项目管理实施细则、资金筹资及管理的规定等制度。创新评审机制，依托省科技厅专家库，建立了“负责任、讲信誉、计贡献”的智能辅助分类评审机制，实行省内专家和省外专家参与、通讯评审和会议评审结合、省科技厅和学校监管部门齐抓共管的项目评审监督机制。优化服务方式，定期开展科研诚信科研伦理宣传教育和咨询服务，对科研不端行为“零容忍”；以强有力的举措深入推进“放管服”改革，探索完善“黑名单”管理制度，强化项目全程监督，实施规范、科学、高效具有创新性的管理服务。
经过十二年来的运行，筹资规模大幅增长，累计总投入2.0502亿元，年均增长29.65%，其中，省财政资金投入3323万元，占16.21%，单位自筹经费投入17179万元，占87.79%，有效调动了社会资金的科技投入，发挥了省财政资金“四两拨千斤”杠杆撬动及放大作用。成果绩效不断凸显，以联合专项为基础支撑，昆明医科大学基础研究能力和水平显著提升，科技综合实力明显增强，有力地支撑了学校的快速发展。学校获国家自然科学基金立项持续位居云南省高校前三位。
云南省科学技术厅-昆明医科大学应用基础研究联合专项资金创新性建立了科学规范的资金及项目管理运行体系，取得了可借鉴、可复制和可移植的应用示范，目前，云南省以此模式新设立了云南省基础研究“中医联合专项”“农业联合专项”“地方本科高校联合专项”及“双一流建设”等专项研究基金，覆盖云南省51个高校及科研院所，有效地提升了云南省高校科技创新能力和综合实力，为科技人才培养提供重要基础支撑和载体，是云南省基础研究领域科技体制的重大创新和特色品牌，是云南省政府和高校科技经费多元投入成功合作的典范。
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