口腔中的细菌分为致病菌和非致病菌两类，它们互相制约，保持着口腔内的“生态平衡”。
长期使用杀菌力强的药物牙膏，不仅会使口腔中的致病菌产生抗药性，而且在抑制、杀灭致病菌的同时，也会抑制、杀灭口腔中的正常菌群，使口腔中的“生态平衡”遭到破坏，引起新的口腔疾病和新的感染。
有些药物牙膏中含有生物碱和刺激性强的物质，长期使用，不但损害口腔内娇嫩的黏膜，还会因长期不断的刺激，使牙龈、口腔、舌头等处发炎而引起牙龈炎、口腔炎、舌炎等;有过敏性喘咳的人会因药物牙膏的刺激性异味而发生喘咳和肠胃不适。
有些药物牙膏还含有色素，长期使用会污染牙面，使牙齿失去光泽。
此外，使用药物牙膏刷牙，部分药物可能会进入肠道，进入肠道中的药物牙膏，可抑制大肠杆菌的生长，使肠道中的大肠杆菌数量减少，并可能引起人体的维生素B和维生素K等缺乏。