药学系2001年开始招收药学专业（临床药学方向）本科生，2002年正式建系，下设中药学教研室、临床药学教研室、药理学教研室，并设有药学教学实验室、扬州大学医药研究所、天然药物研究室和抗炎免疫药理研究室。目前，药学系设有药学本科专业，拥有中药学和药学2个硕士点和中药学硕士专业学位授权点。近年来，科研工作持续获得国家、省级资助，率先建立了企业研究生工作站，腾讯，本科生毕业论文分别获得省级优秀本科毕业论文一等奖和三等奖。